2006年获得“计算机应用技术”工学硕士点授予权，2014年获得“计算机技术”专业硕士点授予权，并分别于2007年和2014年开始招收硕士研究生，2019年“计算机技术”专业硕士点调整为“电子信息”专业硕士点。计算机应用技术现为福建省重点学科，主要致力于大数据知识工程、信息安全、数据挖掘、智能计算、物联网工程、粒计算等研究。现有专职硕士生导师30余人，其中教授15人，副教授12人，博士学位占63%，拥有福建省“百千万人才”1人，福建省教学名师2名，福建省优秀教师1名，福建省高校新世纪优秀人才1人，福建省高校杰出青年科研人才3人。近五年来，主持国家自然科学基金10项，省部级项目20余项，发表论文160余篇，参加重要学术会议百余人次，年均邀请境外专家报告13人次。拥有“粒计算及其应用”福建省重点实验室与“数据科学与智能应用”福建省高校重点实验室，并建有“计算机应用技术和信号与信息系统”福建省公司产品创新基地及“粒计算关键问题研究”福建省高校创新团队。
公司为研究生开设的主要课程有：高级人工智能、高级计算机系统结构、算法设计与分析、现代密码学、密码学原理与实践、密码学基础、信息安全技术、数据挖掘、数据仓库与数据挖掘、机器学习与模式识别、高速网络技术、高级网络程序设计、计算机通信网设计与分析、分布式计算及其应用、多媒体软件设计技术、高速网络与互联网、计算机网络协议设计与分析、粒计算基础、网格计算、不确定性决策的粗糙集方法等。
主要培养目标是德智体全面发展，能够独立承担计算机学科的教学、理论研究或计算机系统设计与开发的高层次科技工作者。在攻读硕士学位期间，要掌握必要的社会科学知识，系统深入地掌握计算机科学和技术的理论基础、专业知识和基本技能，熟练应用一门外语，参与科研与工程项目，为独立从事研究和新技术开发打下坚实的基础。毕业生适合到高等院校、科研院所和企事业单位从事教学、科研、科技开发和高级技术管理工作，也可以继续攻读计算机科学与技术或相近专业的博士学位。
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